細田 一史のホームページ (->English)

ちわす!ほそだです! pic

●情報通信研究機構(NICT) 脳情報通信融合研究センター(CiNet) 主任研究員
大阪大学吹田キャンパス内にある研究所で働いています。
 > リンク → CiNetのページ
 > リンク → Researchmap

●あんさんが研究舎 代表
一緒に研究するビジネスです。
 > リンク:あんさんが研究舎ホームページ →

●事業を始めるための情報共有 → 該当ページ

●下記クラファンをキッカケにTwitter始めました twitter

●研究クラウドファンディングにて支援を受けています、誠にありがとうございます_(._.)_ → 該当ページ
 日本の科学力低下が問題視される中、クラファンは、いずれ花咲く基礎研究の支えとなる上に、 多くの方々を巻き込み波及することにより科学への興味を底上げして社会全体に影響するポテンシャルを感じます。 なので今後も日本がノーベル賞をとれるような科学大国を続けるには強力な戦略だと思っています。 なお、クラファンのお金は上記の事業と異なり、すべて大阪大学の管理下で研究のみに使用されます。 もうすぐクラファンにて支援されている研究の最初の論文が出ると思います(プレプリントは出ています)。 これが出たらクラファンのリターンがコンプリートしますので、 事業と同じように、下準備から経過まで情報共有いたします。 是非ご参考にしてくださいませ。 重ねて、ご支援いただいた皆様、誠にありがとうございます_(._.)_

略歴

・1998年04月 大阪大学 工学部 入学、2002年03月 卒業
・2002年04月 大阪大学大学院 情報科学研究科 修士 入学、2005年03月 修了(情報科学修士)
 (1年間休学 自主海外文化研修:地球一周一人旅)
・2005年04月 大阪大学大学院 生命機能研究科 博士 編入、2008年03月 修了(工学博士)
・2008年04月-2013年02月 大阪大学大学院 情報科学研究科 特任助教
・2013年02月-2018年07月 大阪大学 未来戦略機構、特任准教授
 (2016年度後期 早稲田大学 先進理工学部 非常勤講師)
 (2017年度前期 愛媛大学 理学部 非常勤講師)
・2018年08月-2021年03月 大阪大学 国際共創大学院学位プログラム推進機構 特任准教授
 (2019年度後期 早稲田大学 先進理工学部 非常勤講師)
・2021年04月-2021年08月 理研 生命機能科学研究センター 研究員
・2021年09月-現在 NICT CiNet(脳情報通信融合研究センター) 主任研究員
 (理研 生命機能科学研究センター 客員研究員)
 (あんさんが研究舎 代表)

研究

本業において、脳機能の構築原理の理解とその応用を目指して研究しています。詳細は →リンク:CiNetのページ

全体としては、一言で言うと「自然の動き(時間変化)」の研究をしています。 ここでの自然には、分子・生物・生態系・地球環境を含んでいます。もちろん人間や脳、生活環境も含みます。  →リンク:ちょっと説明

動機は「世の中には環境問題とか社会問題とか、ほっておくとまずい大きな問題があるので、 それらを解決して楽しい世の中にしたい」です。こういう大きな問題は人類の価値観の改革や、 科学技術的な根本解決が必要なので、基礎研究とか科学革命とかが必要になってくるわけです。 例えば、「幸せとは何か?」ということを考えていくと、 すぐに「生命とは何か?人間とは何か?自分とは何か?」という話になってきます。 その意味で、知的興味心は多々ありますが、動機は応用(?)でもあります。

具体的には、
・脳の数理モデル化による理解とAIとしての応用
・生物をまぜてつくる人工生態系の研究 → こんな感じです( 動画 )
・分子をまぜてつくる人工生命の研究
・自然現象の原理についての理論研究
・生命・情報・工学の融合研究
などを行っています。

*ちょっとずつですけどちゃんと説明をたしていきます。(きっとここから各研究の説明とか業績に飛んでいけばかっちょいいんだろうな?、と思いつつ。)

Papers

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言い訳と今後の頑張り宣言&感謝: ここ6年ほどリーダー教育プログラム( ヒューマンウェアプログラム )にて、教務委員長として注力していて自身の研究を満足して進めることができませんでしたが、 2019年度からは研究を進めることができていますので、 ドンドン結果を出していきます!!!
※ちなみにプログラムの外部評価は中間評価も事後評価も最高のS( 文科省のリンク )で、個人的にも大阪大学賞をもらいました( 阪大のリンク )。 しかし残念ながら、やはり教育の活動はキャリアとしては評価されず、2021年3月にて雇用止めとなります。 長い期間の活動も教員として評価されないことは色々と残念ですが、振出しに戻って何かで食っていきます! いずれにしても、研究業績の積み上げはできなかったながらも、分野を超えた教育研究能力や社会能力を獲得でき、関連する皆様にとても感謝しています。ありがとうございます!!!


--- Experimental ecology and evolution ---

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- Hosoda, K., Tsuda, S., Kadowaki, K., Nakamura, Y., Nakano, T., Ishii, K., (2016), Population-reaction model and microbial experimental ecosystems for understanding hierarchical dynamics of ecosystems. Biosystems 140, 28-34.

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- Hosoda, K., Habuchi, M., Suzuki, S., Miyazaki, M., Takikawa, G., Sakurai, T., Kashiwagi, A., Sueyoshi, M., Matsumoto, Y., Kiuchi, A., et al., (2014), Adaptation of a Cyanobacterium to a Biochemically Rich Environment in Experimental Evolution as an Initial Step toward a Chloroplast-Like State. Plos One 9.

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- Kubo, I., Hosoda, K., Suzuki, S., Yamamoto, K., Kihara, K., Mori, K., and Yomo, T., (2013), Construction of bacteria-eukaryote synthetic mutualism. Biosystems 113, 66-71.

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- Kumano, I., Hosoda, K., Suzuki, H., Hirata, K., and Yomo, T., (2012), Hydrodynamic trapping of Tetrahymena thermophila for the long-term monitoring of cell behaviors. Lab on a chip 12, 3451-3457.

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- Hosoda, K., Suzuki, S., Yamauchi, Y., Shiroguchi, Y., Kashiwagi, A., Ono, N., Mori, K., and Yomo, T., (2011), Cooperative adaptation to establishment of a synthetic bacterial mutualism. PLoS One 6, e17105.


- Hosoda, K., and Yomo, T., (2011), Designing symbiosis. Bioeng Bugs 2, 338-341.

- Kihara, K., Mori, K., Suzuki, S., Hosoda, K., Yamada, A., Matsuyama, S., Kashiwagi, A., and Yomo, T., (2011), Probabilistic transition from unstable predator-prey interaction to stable coexistence of Dictyostelium discoideum and Escherichia coli. Biosystems 103, 342-347.
- Hosoda, K., Mori, K., Shiroguchi, Y., Yamauchi, Y., Kashiwagi, A., and Yomo, T., (2008), Synthetic ecosystem of Escherichia coli for discovery of novel cooperative and self-adaptive algorithms. Paper presented at: Bioinspired Models of Network, Information, and Computing Systems (BIONETICS) 2008 (ICST).


--- Simple theory of biological dynamics ---

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- Matsuura, T., Tanimura, N., Hosoda, K., Yomo, T., Shimizu, Y., (2017), Reaction dynamics analysis of a reconstituted Escherichia coli protein translation system by computational modeling. Proceedings of the National Academy of Sciences (PNAS): 114: E1336-E1344.

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- Hosoda, K., Matsuura, T., Suzuki, H., and Yomo, T., (2011), Origin of lognormal-like distributions with a common width in a growth and division process. Physical Review E 83, 031118.


--- Animal motion ---

- Shibai, A., Arimoto, T., Yoshinaga, T., Tsuchizawa, Y., Khureltulga, D., Brown, Z.P., Kakizuka, T., Hosoda, K., (2018). Attraction of posture and motion-trajectory elements of conspecific biological motion in medaka fish. Scientific Reports 8, p8589


--- Application of biological dynamics ---


- Fu, C., Dissanayake, T., Hosoda, K., Maekawa, T., Ishiguro, H., (2020) Similarity of Speech Emotion in Different Languages Revealed by a Neural Network with Attention, 2020 IEEE 14th International Conference on Semantic Computing (ICSC), San Diego, CA, USA, 2020, pp. 381-386
- Nakamura, T., Tominaga, T., Watanabe, M., Thammasan, N., Urai, K., Nakamura, Y., Hosoda, K., Hara, T., Hijikata, Y., (2017), Investigation on Dynamics of Group Decision Making with Collaborative Web Search. In Proceedings of 2017 IEEE/WIC/ACM International Conference on Web Intelligence.
- Okaie, Y., Nakano, T., Hara, T., Obuchi, T., Hosoda, K., Hiraoka, Y., Nishio, S., (2014), Cooperative Target Tracking by a Mobile Bionanosensor Network., IEEE Transactions on Nanobioscience, 13(3), p 267-277
- Nakano, T., Hosoda, K., Nakamura, Y., and Ishii, K., (2013), A biologically-inspired intrabody nanonetwork: design considerations. In Proceedings of the 8th International Conference on Body Area Networks (Boston, Massachusetts: ICST (Institute for Computer Sciences, Social-Informatics and Telecommunications Engineering)), pp. 484-487.

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- Kiyokawa, K., Hatanaka, M., Hosoda, K., Okada, M., Shigeta, H., Ishihara, Y., Ooshita, F., Kakugawa, H., Kurihara, S., and Moriyama, K., (2012), Owens Luis - A context-aware multi-modal smart office chair in an ambient environment. Paper presented at: Virtual Reality (VR), 2012 IEEE (Costa Mesa, CA, USA).


- Shigeta, H., Nakase, J., Tsunematsu, Y., Kiyokawa, K., Hatanaka, M., Hosoda, K., Okada, M., Ishihara, Y., Ooshita, F., Kakugawa, H., et al., (2012), Implementation of a smart office system in an ambient environment. Paper presented at: Virtual Reality (VR), 2012 IEEE (Costa Mesa, CA, USA).


--- Artificial life by biochemicals ---

Link: -> Dr. Matsuura , Professor, Tokyo Institute of Technology

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- Matsuura, T., Hosoda, K., Shimizu, Y., (2018). Robustness of a Reconstituted Escherichia coli Protein Translation System Analyzed by Computational Modeling. ACS Synthetic Biology 7, pp1964-1972
- Matsuura, T., Hosoda, K., Kazuta, Y., Ichihashi, N., Suzuki, H., and Yomo, T., (2012), Effects of compartment size on the kinetics of intracompartmental multimeric protein synthesis. ACS synthetic biology 1, 431-437.
- Hirata, K., Ichii, T., Suzuki, H., Matsuura, T., Hosoda, K., and Yomo, T., (2012), Fractal-shaped microchannel design for a kinetic analysis of biochemical reaction in a delay line. Microfluid Nanofluid 13, 273-278.
- Sunami, T., Hosoda, K., Suzuki, H., Matsuura, T., and Yomo, T., (2010), Cellular compartment model for exploring the effect of the lipidic membrane on the kinetics of encapsulated biochemical reactions. Langmuir 26, 8544-8551.
- Urabe, H., Ichihashi, N., Matsuura, T., Hosoda, K., Kazuta, Y., Kita, H., and Yomo, T., (2010), Compartmentalization in a water-in-oil emulsion repressed the spontaneous amplification of RNA by Q beta replicase. Biochemistry 49, 1809-1813.
- Hosoda, K., Sunami, T., Kazuta, Y., Matsuura, T., Suzuki, H., and Yomo, T., (2008), Quantitative study of the structure of multilamellar giant liposomes as a container of protein synthesis reaction. Langmuir 24, 13540-13548.
- Kita, H., Matsuura, T., Sunami, T., Hosoda, K., Ichihashi, N., Tsukada, K., Urabe, I., and Yomo, T., (2008), Replication of genetic information with self-encoded replicase in liposomes. Chembiochem 9, 2403-2410.


- Matsuura, T., Hosoda, K., Ichihashi, N., Kazuta, Y., and Yomo, T., (2011), Kinetic Analysis of {beta}-Galactosidase and {beta}-Glucuronidase Tetramerization Coupled with Protein Translation. J Biol Chem 286, 22028-22034.
- Ichihashi, N., Matsuura, T., Hosoda, K., and Yomo, T., (2010), Identification of two forms of Q{beta} replicase with different thermal stabilities but identical RNA replication activity. J Biol Chem 285, 37210-37217.
- Ichihashi, N., Kita, H., Hosoda, K., Sunami, T., Tsukada, K., Matsuura, T., and Yomo, T., (2009), Requirements for Efficient Replication of Genetic Information in a Translation-Coupled Replication System. Origins Life Evol B 39, 317-318.
- Ichihashi, N., Matsuura, T., Kita, H., Hosoda, K., Sunami, T., Tsukada, K., and Yomo, T., (2008), Importance of translation-replication balance for efficient replication by the self-encoded replicase. Chembiochem 9, 3023-3028.

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- Hosoda, K., Matsuura, T., Kita, H., Ichihashi, N., Tsukada, K., Urabe, I., and Yomo, T., (2008), A novel sequence-specific RNA quantification method using nicking endonuclease, dual-labeled fluorescent DNA probe, and conformation-interchangeable oligo-DNA. Rna 14, 584-592.

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- Hosoda, K., Matsuura, T., Kita, H., Ichihashi, N., Tsukada, K., and Yomo, T., (2007), Kinetic analysis of the entire RNA amplification process by Qbeta replicase. J Biol Chem 282, 15516-15527.

その他、業績

→リンク:学術論文と会議論文

著書(国際誌)
・Hosoda, K., Ono, N., Suzuki, S., and Yomo, T., (2014), Transcriptome Analysis of a Microbial Coculture in which the Cell Populations Are Separated by a Membrane. In Engineering and Analyzing Multicellular Systems, L. Sun, and W. Shou, eds., (Springer New York), pp. 151-164.
・Sunami, T., Kita, H., Hosoda, K., Matsuura, T., Suzuki, H., and Yomo, T., (2009), Chapter 2 - Detection and analysis of protein synthesis and RNA replication in giant liposomes. Methods Enzymol 464, 19-30.

特許
・四方哲也, 鈴木宏明, 細田 一史、低濃度粒子測定装置および方法、科学技術振興機構、特開2012-208004、特願2011-073660
・四方哲也, 細田 一史, 松浦友亮, 中島敏博, 樋口浩文、大阪産業振興機構・大阪大学・化血研、特開2008-99570(P2008-99570A), 特願2006-282975(P2006-282975)

招待講演 国際会議
・"Introduction: Microbes go to work", Gordon Research Conference (Microbial Population Biology), Proctor Academy (Andover, NH), July 19-24, 2015
・"Phenotypic Plasticity for the Establishment of Symbiosis." The 7th Okazaki Biology Conference (Shizuoka, Japan), Jan. 11-14, 2010

招待講演 国内会議
・"無数の実験生態系から生命の法則を探る", 脳情報通信融合研究センターBFIセミナー, オンライン, 2021年2月4日
・"無数の小世界をつくって生命の法則にたどり着きたい", 京都大学MACSセミナー, オンライン, 2020年11月25日
・"1万を超える人工生態系により生態系と生命の謎に迫る", 生態研セミナー, オンライン, 2020年11月20日
・"生物進化と生態系変化の制約にモデル人工生態系で迫る", 日本進化学会第22回オンライン大会企画シンポジウム「システム頑健性と進化可能性」, オンライン, 2020年9月7日
・"今や簡単に家管理、ラボ管理、実験機器連携が低コストかつ思いつきで自動化できる", Laboratory Automation勉強会, オンライン, 2020年6月27日
・"微生物人工生態系実験で生物学的ネットワークを理解しに行く", ネットワーク科学セミナー2019, 統計数理研究所, 2019年8月29日
・"今考える融合研究", 第59回生命科学夏の学校, 定山渓ビューホテル, 2019年8月31日
・"生態学における、進化・群集・生態系をつなぐ視点", 招待パネリスト, 進化群集生態学シンポジウム2016, 京都大学理学部セミナーハウス, 2016年10月7日
・"複数の微生物を混ぜると現実の多対多を教えてくれる", 第89回日本細菌学会総会, 大阪国際交流センター, 2016年3月23日
・"Synthetic ecosystems", 「細胞を創る」研究会 8.0, 大阪大学, 2015年11月13日
・"Interdisciplinary research: Why and how", 第9回 学生主催若手合宿研究交流会, ホテルウェルネス大和路(奈良県), 2015年7月16日
・"微生物の実験室内進化をつかってコミュニティの進化を見て考える", 第8回Evo-devo青年の会, 名古屋大学, 2015年6月27日
・"ニッチとは何か", 第62回日本生態学会大会(シンポジウム・多種共存機構とニッチ), 鹿児島大学, 2015年3月18-22日
・"結局その○○学で何がしたいのか", 生命情報科学若手の会・第6回年回, 理研 CDB(神戸), 2014年10月29-30日
・"共生の進化原理とは何か?", 第3回マトリョーシカ型生物学研究会, 神戸大学, 2014年7月11日
・"微生物実験系に「生物群集はどのように変化するのか」を聞く", 龍谷大セミナー, 龍谷大学, 2014年5月26日
・"微生物による実験生態系の進化", 第45回 種生物学シンポジウム, 別府市ふれあい広場サザンクロス, 2013年11月29-12月1日
・"Toward a paradigm shift having fun with complex living systems.", 第10回 生命科学リトリート, 静岡県掛川市 ヤマハリゾートつま恋, 2013年10月31日(木)
・"Experimental evolution of synthetic microbial symbioses." (in Microbes and symbiosis-1 What is symbiosis?), the 28th Annual meeting of the Japanese Society of Microbial Ecology (JSME 28), Aichi, Japan, 2012, Sep. 19-22
・"Experimental evolution of an artificial bacterial mutualism.", 複雑系生命システム研究センターセミナー, 東京大学 16号館 第一会議室, 2012年3月29日
・"なぜ生物は共生するのか?実験的に再構成して考える", 第6回 内部観測研究会, 神戸大学六甲台キャンパス 百年記念館 六甲ホール, 2012年3月17-18日
・"2種大腸菌による栄養共生への迅速な適応とその遺伝子発現変化" 日本生態学会第57回大会, 東京大学 (シンポジウム・迅速な適応性(第2回)-学習や表現型可塑性がドライブする進化), 2010年3月15-20日
・"大腸菌の人工相利共生系で観察される協力的表現型変化" 第19回日本数理生物学会大会, 東京大学, p90【S13】(企画シンポジウム・新しい数理生態学の問題への誘い), 2009年9月9-11日
・"Adaptive phenotypic change observed in a synthetic mutualism composed of two auxotrophs of Escherichia coli." 複雑系生命センター、ERATO複雑系生命プロジェクト共催セミナー, 東京大学, 2009年5月14日
・"人工共生系を用いて共生の成り立ちで起こる表現型変化をリアルタイムに観察する" 第24回駒場進化セミナー, 東京大学, 2009年5月14日

・大阪大学未来戦略シンポジウム:ヒューマンウェアキックオフシンポジウム

受賞
"大阪大学総長奨励賞・研究部門", 大阪大学, 2014年7月8日
"Evolution in Action", Artificial Life XIII, Michigan, USA, 2012 July.19-22
" 大阪大学賞・教育貢献部門 ", 大阪大学, 2018年11月19日

研究助成謝辞

以下の研究助成を受けています。誠にありがとうございます。

クラウドファンディング
2019年度〜
「1万個の人工生態系をつくり非平衡で非線形な生態系の理解に挑む!」
アカデミストを通し、田口勇様、樺澤哲様、久保井亮一様、東雄貴様はじめ、多くの方々から研究費のサポートを頂いております。心より、御礼申し上げます。

科研費
2020〜2023年度
「生物群集全体と各2種間相互作用との関係を人工生態系での総当たり実験により解明する」
基盤研究(C) 代表者
審査区分:生態学および環境学関連

2020〜2021年度
「実験生態系を用いた生態系変化の情報物理学的理解」
新学術領域研究(研究領域提案型、公募班) 代表者
審査区分:複合領域

2020〜2021年度
「実験生態系の摂動と継代による生態系の揺らぎ応答関係の解明」
新学術領域研究(研究領域提案型、公募班) 代表者
審査区分:生物系

2018〜2019年度
「生態系の揺らぎ応答関係と内部進化の実験的解明研究」
新学術領域研究(研究領域提案型、公募班) 代表者

2015〜2017年度
「出芽酵母の人工進化系構築 ―生命の適応的機能創出をデザインする―」
基盤研究(C) 分担者(代表者:中岡慎治)
研究分野:構成的システム生物学

2013〜2015年度
「人工最小生態系の進化ダイナミクスを分子レベルで記述する」
挑戦的萌芽研究 代表者
研究分野:生態・環境

2011〜2012年度
「共生成立に寄与する表現型可塑性の分子機構」
若手研究(B) 代表者
研究分野:生態・環境